自治区供销合作社成立于1949年7月，是为农牧服务的合作经济组织,由旗县级以上供销合作社联合社、社有企业实体经济和基层供销合作经济组织三类主体构成，是自下而上联合、自上而下服务的合作经济组织联合体。截至2022年末，全系统共有三级联合社机构107个，其中自治区级联合社1个，盟市级联合社12个，计划单列市联合社1个，旗县级联合社93个；基层供销合作经济组织14312个，其中基层供销合作社983个，农牧民专业合作社7028个，村级综合服务社6301个；全系统主管、领办的行业（专业）协会643个。

    内蒙古供销合作社联合社设立理事会、监事会，共有9个处室（综合办公室、经济发展处、合作指导处、监事会办公室、流通网络建设处、人事教育处、财务处、机关党委、离退休人员工作处）、8家直属企业（内蒙古农牧业生产资料有限责任公司、内蒙古牧王畜产品股份有限公司、内蒙古绿泰源农产品开发股份有限公司、内蒙古润创冷链物流有限责任公司、内蒙古汇特投资公司、内蒙古供销电子商务股份有限公司、内蒙古铉力和再生资源开发有限公司、内蒙古合信资产经营管理有限公司）、1家直属事业单位（内蒙古经贸学校）。根据内蒙古自治区党委办公厅、自治区人民政府办公厅关于印发《内蒙古自治区供销合作社联合社职能配置、内设机构和人员编制规定》的通知（厅发〔2020〕21号）精神，内蒙古自治区供销合作社联合社的主要职责是：宣传贯彻党中央关于“三农”工作的方针政策，指导全区供销合作事业发展；研究制定全区供销合作社发展规划，指导服务供销合作系统改革发展；根据自治区政府授权，对重要农牧业生产资料和农畜产品经营进行组织、协调和管理，指导各级供销合作社承担政府委托的公益性服务和其他任务；推进供销合作社法治建设，研究提出促进行业发展的政策法规建议，维护各级供销合作社合法权益；协调同有关部门的关系，指导各级供销合作社业务活动，推进新农村现代流通服务网络工程、电子商务建设和农村牧区合作金融服务工作，组织开展供销合作系统农畜产品展会展销，领办创办农牧民专业合作社，更好履行为农为牧服务职责；行使自治区本级社有资产出资人代表职能，指导社有资产运营，确保社有企业为农为牧服务方向，履行社有资产监管职责，落实社有资产保值增值和安全责任；参加中华全国供销合作总社和国内外合作经济组织的交流活动；完成自治区党委和政府交办的其他任务。

    2022年，内蒙古自治区供销合作社在自治区党委、政府的正确领导和全国供销合作总社的有力指导下，坚持为农牧服务根本宗旨，持续深化综合改革，推进联合社组织管理体系、基层供销合作经济组织体系、社有企业实体经济体系、农村牧区现代流通服务体系建设，全系统累计实现销售总额371.99亿元，同比增长0.66%，增速与上年同期相比增加15.37个百分点；累计实现购进总额328.69亿元，同比下降1.29%，增速与上年同期相比增加10.83个百分点。全系统社有企业汇总实现利润总额2244.6万元，同比扭亏增盈5165.49万元。全系统社有企业所有者权益12.84亿元，同比增长2.12%。